Johannes Varwick studierte Politik- und Rechtswissenschaft in Münster und Leeds. Von 1999 bis 2000 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Forschungsinstitut der Deutschen Gesellschaft für Auswärtige Politik, anschließend von 2000 bis 2003 an der Universität der Bundeswehr Hamburg. Es folgten Professuren für Politikwissenschaft an den Universitäten Kiel (2003–2009) und Erlangen-Nürnberg (2009–2013). Seit 2013 hat er den Lehrstuhl für Internationale Beziehungen und europäische Politik an der Universität Halle- Wittenberg inne. Von 2019 bis 2021 war er Präsident der Gesellschaft für Sicherheitspolitik; seit 2024 ist er Präses des Wissenschaftlichen Forums für Internationale Sicherheit (WIFIS).
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