Cem Ekmekcioglu wurde 1965 in Wiesbaden geboren und studierte Medizin an der Universität in Wien. Er ist Facharzt für Physiologie sowie Ernährungsmediziner. Seit 1994 lehrt und forscht er als außerordentlicher Universitätsprofessor am Institut für Physiologie an der Medizinischen Universität in Wien. Er lebt mit seiner Frau und drei Kindern in Wien.
